También se sugiere que la salida del filtro donde están emplazadas los BioPellets sea cerca de la entrada del skimmer, para ayudar a reducir la cantidad de bacterias, y ayudar el intercambio de gases (eliminar CO2, añadir O2). Estos Pellets no deben ser nunca usados en condiciones de baja aireación, sobretodo durante la noche. La aireación necesaría puede ser suministrada por bombas de aire y los mismos skimmers.
Cuando una alimentación pesada es necesaria en el acuario, se recomienda combinar los BioPellets con materiales estandard de absorción de fosfato. La razón de esto, es que, en muchos de los alimentos para acuarios contienen más cantidades de fosfato de las que pueden ser consumidas por bacterias, peces e invertebrados, cuando son comparados con el nitrógeno. Algunos de los absorbentes de fosfato, también pueden reducir la alcalinidad y el pH. Utilizar un absorbente de base férrica (hidróxido férrico) no tiene esta desventaja.